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在亚特鲁活跃时代的 700 多年前，由双子女神与六神官治理，借由黑真珠与库雷利亚金属之力而繁荣的王国伊苏，突然遭受魔物军团侵袭。双子女神与六神官决定借由黑真珠之力，将伊苏王国的中心地带萨尔门神殿漂浮到空中。但魔物们却建立了耸入云的高塔追击。
在这关键时刻，象征伊苏的双子女神却连同黑真珠失去了踪影，六神官们集结了骑士与魔道师的精锐力量组成女神搜索队，前往地面艾斯塔利亚探寻女神的踪影，故事就此展开。
此代故事依优妮卡、雨果、托尔三位主角分为三段不同剧情，其中托尔的剧情为伊苏系列正史。