《少林足球》套用了电影中阿星等少林弟子下山找寻失踪秘笈，为筹盘缠组建少林足球队冲击全国冠军的故事，因此游戏也被定位成运动类，但其中的 RPG 要素才是带给玩家新感受的亮点。比赛是六人制，球赛以半动作方式进行，当双方球员接近时会出现动作选单，如：铲断、传球、过人、拦截等。此外，各人在相对的动作上都有各自的绝技，如大力金刚腿、太极手……居然用手？没错，因为这比赛是没有裁判的，球员们不必再为如何做小动作煞费苦心，大打出手也无所谓，进球才是最终的目的。不单和尚踢球是一大奇闻，参赛的其它球队也是希奇古怪，潮州老汉队、福建猪排队、泰国人妖队都是玩家必须一一挑战的对手。

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第一章　 下山
　　游戏开始后，主人公阿星(以周星驰造型为蓝本)以伤痕累累的窘态出现，而罪魁祸首便是木人巷里的十八铜人，他们为了利益瞒住方丈围殴阿星并强迫他下山取饭。从木人巷出来，走到少林寺路口，和从小与阿星青梅竹马并有“馒头西施”之称的阿梅(以赵薇造型为蓝本)相遇。由于阿星的玩笑惹恼了阿梅，招来了阿梅的不满。此后阿星返回少林寺，遇到20年前的“黄金右脚”，而今是过气球星的明锋(以吴孟达造型为蓝本)。闻知明锋要求学习易筋经，以使自己右腿的旧伤痊愈。当然，学易筋经并非易事，最终遭到了方丈的拒绝。待阿星送走明锋后返回少林寺自己的小屋休息。第二日，来到少林寺，从十八铜人口中得知阿梅今日并没送馒头上来，阿星急忙下山探望。在馒头店门口恰巧遇到在“甜在心”馒头店前滋事的少林五早——几个小混混，阿星怒气上涌，遂与五早争斗起来。打斗一阵后，明锋出现，五早认出明锋就是他们自小的偶像，经明锋劝解后化解了干戈，五早也匆匆溜走。与此同时，明锋也发现了阿星的足球天分，便怂恿他学习踢球，但被阿星拒绝。
　　尔后，阿星与馒头店左边的一个青年交谈，得知五早在村边的球场。到了球场，在一番较量后取胜。与此同时，易筋经突然被盗，师傅命阿星下山寻找！下山之前，却因阿星还没闯过木人巷，所以被迫还要去那里闯关。临去之前，师父神秘兮兮地诱惑他说，若打赢十八铜人，便教他少林绝学大力金钢指。阿星果然备受鼓舞，在球场上实力超群，一鼓作气取得胜利！凯旋之后，阿星满心欢喜地回到寺中，向恩师求教大力金钢指，却发现大力金钢指是用来练脚趾的！叹息之际，阿星决意暂且弃神功于不顾，下山向阿梅告别，寻找易筋经。

第二章　 初战
　　从莆田村出来首先到达江西，心地善良的阿星被面善心黑的女孩子骗去了仅有的钱财，正在走投无路之际，偶遇小名星程丽(以李卉形象为蓝本)仗义疏财，关键时刻施舍钱财给阿星。阿星去卡拉OK厅寻找大师兄借钱旅行，师兄弟相见不禁百感交集。无奈大师兄也是生意惨淡，入不敷出。被逼无奈之下，大师兄提议做少林OK秀。正在此时，少林五早又在卡拉OK厅内寻衅滋事，盛怒之下的阿星师兄弟将五早打败。被打得落花流水的五早心服口服并拜大师兄为师，可谓因祸得福。但资金问题始终困扰着阿星，明锋提议阿星踢足球赚钱以支持旅行。经过提示，在江西公寓中见到了因生意冷淡而女扮男妆以招揽客人的老板小虎。明锋提议让小虎作球队的经理人，而小虎因相貌丑陋拒绝担当此重任。
　　此时，放心不下阿星的阿梅也赶到此地，阿星立即要求阿梅担当经理人之职。与此同时，大家得到消息，有球队前来挑战，而且只要能赢这场球赛，便可得奖金三万元！阿星在阿梅的怂恿下，决意和明锋、五早等人前往挑战。阿星等队员怀着对财富和未来美好生活的憧憬，大获全胜。但在众人赢球，厚沓沓的钞票触手可及时，对方球队借口说要上厕所而逃之夭夭！原来，对方便是足坛上有“不必守信”之称的臭名昭著的人渣队伍！众人心中愤怒之火难息，但也只能相对无言，默默返回公寓。

第三章　 声名远播
　　此时有一奇怪男人打电话，告诉众人又有球队与他们比赛，但要赶往景德镇出擂。次日，阿星、大师兄、五早、阿梅一行，赶往景德镇。在路上，他们途经富丽堂皇的飞利浦大厦，得知若能赢得这场球赛，则可得到由展略科技、奥美电子等公司提供的十三万元的奖金。在落脚的酒店发现四师兄，经大家你一言、我一语的询问，四师兄这才倒出苦衷：原来他为了借钱，才来到这里……阿星发现四师兄善于拳法，根底扎实，就说服他做守门员。次日，新阵容的少林队与飞利浦队比赛，大获全胜后，得到巨额奖金，也算是洗刷了上次被骗的耻辱。
　　此时，三师兄突然现身，沉浸在胜利喜悦之中的众人得知三师兄因炒股遭遇股市大跌，亏欠赞助商十万九千七百零二元，几近绝路。于是阿星提议，用奖金偿还三师兄的债务。大师兄出面为三师兄亲自求情，许诺三师兄定会以今后赢球得来的奖金赔还众人的奖金，直到还清为止。这样众人才不再有任何异议。赞助商为他们的兄弟情份所感动，答应只偿还十万九千七百元，但实际只让利了两元，真是让大家哭笑不得。众人回到酒店，又巧遇泰国足球队的经理人撒小姐，由她提议和他们打友谊赛，少林球队成立伊始，当然不放过任何扬名机会，阿星提议两日后再赛。
　　众人两日后来到球场，经过一番残酷搏杀，少林队再次胜出。泰国队败北之后，声称自己的两名主力前锋未在队中，约定待两名前锋归队之后再战。而少林队因此名声大噪。众球员回到住处，又碰到犯戒下山的六师弟。六师弟恳请加入少林队，共同寻找易筋经，戴罪立功。各球员也一致拍手叫好，表决通过。这时阿梅从门外进来，告诉大家，因少林屡次赢球而名声远扬，惹得有一奇怪人三天后要挑战少林队。

第四章　 预选赛
　　三天转瞬即逝，两球队球场对阵，原来此次是连续三次夺冠的玉面飞龙队向少林队挑战。少林队虽竭尽全力，但并不是玉面飞龙队的对手，最终败下阵来。而少林队也在这次球赛中明白了“天外有天、人外有人”的道理，这使得众人更加努力。众人回到酒店后，小虎告知，是明锋的死对头强雄偷走易筋经，目的是为了对付明锋的少林队。
　　众人为了拿回易筋经，均摩拳擦掌，决定参加全国大赛。在福建的报名处，遇到在报名处兼职的泰国队经理人撒小姐。从撒小姐口中得知，广东福建两省只有一支队可以进入八强。于是少林队将于第二日与代表福安市的福安猪扒队交锋。回到宿舍后，明锋发现少林队的防守力量不足，阿星提议去找二师兄，于是，明锋命阿星火速找回二师兄。于是阿梅陪阿星去住宅区找二师兄，发现二师兄不在家中。在数码战区的一家餐厅找到二师兄，但二师兄矢口否认。通过餐厅伙计了解到，二师兄因自己的“地中海”(秃头)样子难看，影响生意，而被炒了鱿鱼，现在在这里做洗碗工人。于是，阿星与阿梅赶到二师兄家中，碰到二师兄，阿星与阿梅苦心相劝二师兄加入少林队。二师兄心中开始犹豫。次日，二师兄并未如约到达少林队宿舍。因时间紧迫，众人只得赶往球场，参加与猪扒队的比赛。而后二师兄匆匆赶到，并决心与众师兄同进退，不夺取全国冠军誓不罢休！众人士气倍增，斩落猪扒队于马下。恰在此时，阿梅不巧病倒，众师兄轮流照顾。次日，与香茅仙游队比赛时，发现此前赖账逃跑的茅王队原来就是香茅仙游队。考虑到阿梅的病情，少林队没有向香茅仙游队索要从前的三万元。此后的赛事并没有什么悬念，少林队一路过关斩将，在战胜香茅仙游队和潮州老汉队之后，取得福建地区的初赛权。
　　到了与泰国队再战之期，发现泰国队的经理人是又一隐藏的高手。两队经再次交手，少林队还是战胜了泰国队，同时发现泰国队实力增长不少。原来他们在香港街头，进行躲避警察与路人的训练。明锋感到少林队实力不足，因此开始特训，经众师兄弟商议，大家各自进行训练。阿梅约阿星共同去海滩，表明心意，但阿星却感觉阿梅始终是他的妹妹，阿梅伤心离去。阿星开始练习大力金钢指，最终却练成大力金钢腿！而其它众师兄也练得独门绝技。此时，听闻了有关魔鬼队“武力足球”的消息，还获悉易筋经落入该队教练强雄之手。明锋离开少林队去探听魔鬼队和强雄的下落，于是小虎接替明锋教练之职，带领少林队参加全国大赛。

第五章　 全国大赛
　　前往决赛的路看来很平坦，打败四川麻辣队进入八强，打败山西豆腐队进入四强，尔后与玉面飞龙队再次交手，经一番苦战最终战胜了对手，进入决赛。遭淘汰的玉面飞龙队鼓励少林队一定要赢得冠军，否则，定饶不了阿星和少林队。

最终章　 迎接幸福
　　决赛前，赞助商提供了新型球鞋，还说，另有额外的奖金 。与魔鬼队的最后决赛异常激烈，中场结束前，四师兄被魔鬼队的大力射球所伤，明锋告知大家，阿梅是太极传人的遗孤，于是阿梅替下四师兄把守龙门。而阿星也感到双脚隐隐作痛，于是阿梅拿出精心缝补的旧鞋。少林诸队员脚下生风，如有神助，最终将这支强大球队击败，阿星还从强雄手中夺回了易筋经。无限的成就，无限的风光，迎来了无比灿烂的艳阳天！